Pikmin 3 Deluxe fait un carton au Japon, bien que ce ne soit pas aussi flamboyant en Europe. Cette version retravaillée du titre Wii U est désormais la plus vendue de la licence dans son pays natal avec 513 225 exemplaires physiques. L'ancien leader du classement était le premier Pikmin avec 502 996 ventes.
Voici le classement complet :
1. [NSW] Pikmin 3 Deluxe - 513,225
2. [NGC] Pikmin - 502,996
3. [NGC] Pikmin 2 - 483,027
4. [WII] New Play Control! Pikmin 2 - 237,064
5. [WIU] Pikmin 3 - 232,313
6. [WII] New Play Control! Pikmin - 170,866
7. [3DS] Hey! Pikmin - 157,007